Hay dos formas de hacerlo, una utilizando un script localizado en la maquina local y otra en el que lo invocamos en la maquina remota.
Con un script en maquina local:
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ssh usuario@ipdeotracompu 'bash -s' < script_local |
Con un script en la maquina remota, localizado en el directorio home del usuario con el que nos conectamos:
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ssh usuario@ipdeotracompu './script_remoto' |